2010

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  • Publié le : 1 avril 2010
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Tutorial Annotation des Génomes
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Introduction
Recherche des gènes susceptibles de coder pour des protéines.
Modélisation de la structure en opérons.Prédiction fonctionnelle des produits des gènes.
Matériel
Recherche des gènes codant pour des protéines
Recherche des unités de transcription
Recherche des promoteursde type sigma A
Recherche des terminateurs de type rho-indépendants
les terminateurs constitués d'une petite tige de 5 à 7 pb très stable et d'une boucle de 4 pb suivit d'unerégion riche en U.
Les terminateurs constitués d'une longue tige qui peut se décomposer en deux tiges imbriquées l'une dans l'autre. La première plus stable doit faire au moins3 pb de long avec un appariement GC à son pied. La seconde est incluse dans la première et comporte au moins 3 appariements. Elle est généralement moins stable que la première. Laboucle est de 3 à 7 pb de long.
Synthèse des résultats
Vous pouvez maintenant faire la synthèse des résultats obtenus avec les différentes méthodes de prédiction et proposer undécoupage de la séquence en unités de traductions et de transcriptions. Avant aller plus loin dans l'analyse, il est nécessaire de rechercher les fonctions des protéines codées par lesgènes identifiés dans cette étape.
Prédiction fonctionnelle par similitude
Vous devez maintenant disposer d'une séquence annotée. Nous pouvons envisager de rechercher la fonction desprotéines putatives. Pour cela, nous allons utiliser une approche par similitude.
Recherche dans les bases de données de séquences de protéines.


Prédiction fonctionnelle pardétection de signatures
Localisation cellulaire des protéines
Recherche de peptide signal
Recherche de fragments transmembranaires
faire un résumé de toutes les informations.
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