Les Frères furent pratiquement annihilés par les Lituaniens et les Semigalliens à la bataille de Šiauliai en 1236. En conséquence, la confrérie fut incorporée l'année suivante à l'ordre des Chevaliers teutoniques. À partir de ce moment, ils furent sur tous les points (règle, habillement et activité) une branche autonome de l'Ordre teutonique, avec leur propre Maître (qui était sujet de jure du Grand-Maître de l'Ordre teutonique). Entre 1237 et 1290, ils conquirent en totalité la Courlande, la Livonie et la Semigallie. En 1346, l'Ordre acheta le reste de l'Estonie au roi du Danemark Valdemar IV.

L'ordre teutonique sombra dans le déclin après sa défaite à la bataille de Grunwald en 1410 puis la sécularisation de ses territoires prussiens par Albert de Prusse en 1525, mais l'Ordre de Livonie parvint à maintenir une existence indépendante. Pendant la guerre de Livonie, cependant, ils souffrirent de la défaite décisive que leur infligèrent les troupes de la Russie moscovite à la bataille d'Ergeme en 1560. L'ordre de Livonie chercha alors une protection auprès du roi Sigismond II Auguste, qui était intervenu au cours d'une guerre entre l'évêque Guillaume de Riga et les Frères en 1557.

Après être parvenu à un accord avec le roi polonais et ses représentants (particulièrement Mikołaj « Czarny » Radziwiłł), le cinquantième et dernier grand-maître, Gotthard Kettler, sécularisa l'ordre et se convertit au luthéranisme. Dans la partie méridionale des domaines appartenant aux Frères, il créa pour sa famille le duché de Courlande et de Semigallie. Cette création fut possible grâce au Pacte de Wilno, le 28 novembre 1561, qui décida aussi de la cession de territoires au royaume polono-lituanien[réf. nécessaire] de Sigismond II Auguste, et du Nord de l'Estonie au Danemark et à la