Certaines espèces fongiques se révèlent utiles, voire indispensables, dans certains domaines de l’industrie agro-alimentaire. Les levures représentent certainement le groupe le plus important de microorganismes exploités par l'homme. 1 glucose + 2 ADP + 2H3PO4 ® 2 éthanol + 2 CO2 + 2 ATP Si certaines levures osmophiles supportent de fortes doses de sucre (de 65 à 70 %), la fermentation est freinée par la toxicité de l'alcool dès que ce produit atteint le taux de 13 à 14 % ; dans les meilleurs cas, le taux d'acool ne peut dépasser 18 ou 19 %. b - Fromages Dans le camembert (exemple de fromage à pâte molle à croûte fleurie), elles se développent rapidement en surface et atteignent vers le 10ème jour un taux proche de 5.108/g pour diminuer ensuite sensiblement (107/G en fin d’affinage). Dans la pâte, la population suit la même évolution, mais reste environ 100 fois moins abondante qu’en surface. Dans le roquefort (exemple de fromage à pâte persillée), les levures se développent rapidement au cours des premières heures, mais le mode particulier de salage va être à l’origine d’une diminution sensible en surface pendant plusieurs jours. Par la suite, la flore levure atteint jusqu’à 109/g. http://ispb.univ-lyon1.fr/mycologie/Site_labo_myco/Enseignement/3/Biotechnologie03.htm d - des problèmes nouveaux ou mal maîtrisés Les microorganismes ne sont bien évidemment pas totalement maîtrisés. Ils sont à l'origine de nombreuses maladies et sont des agents très actifs de la dégradation de composés alimentaires.
Le terme de biodétérioration désigne tous les phénomènes de dégradation NON SOUHAITÉE de matériaux par les microorganismes. On peut ainsi citer le papier, les carburants pour réacteur (des bactéries dégradant les hydrocarbures croissent dans le fond des cuves à kérosène et autres carburants pour avions dès qu'y stagne un peu d'eau), les puces électroniques (lors de la fabrication des puces, la croissance