Même dans les périodes de difficultés, le groupe ne cesse d’innover. Entre 2001 et 2004, les ventes du Macintosh et les bénéfices baissent très fortement, mais Apple a décidé de faire des efforts d’investissement et d’innovation, c’est un point important de la stratégie d’Apple Computer Incorporation contrairement à d’autres entreprises qui en connaissant des difficultés réduisent leurs investissements.
Apple, en plus d’innover sur le plan technologique, met en place une véritable innovation de business model, c’est un Modèle économique sur lequel compte se développer une entreprise : origine et mode d'obtention du chiffre d'affaires, façon de dégager de la rentabilité.
A l’apparition d’iTunes (qui est logiciel multimédia développé par Apple en 2003 permettant de gérer sa bibliothèque musicale) la presse était assez critique. Et pourtant, c’est peut être aujourd’hui le seul logiciel « rempart » contre le téléchargement illégal de musique. En effet, Apple ne vend pas de musique mais offre un service de stockage sécurisé et agréable à utiliser. Apple a centrée son business model sur la mise en place d’une véritable plate-forme multi face. Cette plateforme met en relation les acteurs de l’industrie des contenus, des télécoms et de l’informatique : producteurs de musique et de films, éditeurs et développeurs de logiciels, éditeurs de jeux, opérateurs télécoms. Apple devient ainsi un intermédiaire pour l’accès à un marché soutenu et contrôlé par son écosystème technologique.
Mettre en place iTunes peut sembler très simple, quelques serveurs, une base de données… Mais le faire au niveau mondial, avec des temps de téléchargement raisonnables, c’est très compliqué et surtout ça nécessite de développer des technologies couteuses. Derrière le service iTunes, on trouve des serveurs xServe, des solutions de stockage, une solution de développement de site web dynamique : webobject, une entreprise spécialisée dans l’optimisation des téléchargements, etc… Un ensemble de