Artemis Fowl, Jeune irlandais de douze ans, extrêmement intelligent, découvre l'existence du Peuple des Fées, une population secrète de la planète vivant sous terre. Le récit débute sur la tentative d'Artemis, accompagné de son garde du corps Butler, de récupérer le Livre, sorte de bible que chaque fée porte sur elle. Artemis parvient à l'obtenir auprès d'une fée cachée à Hô-Chi-Minh-Ville. Après l'avoir traduit depuis le gnomique, langue des fées, il entreprend d'en capturer une.

Holly Short, capitaine des Forces Armées de Régulation des fées (les FAR), est envoyée en surface pour arrêter un troll échappé. L'opération manque de tourner au désastre, alors que Holly n'a plus de réserves magiques. Elle s'envole donc vers l'Irlande, afin d'accomplir le Rituel qui lui permettra de recouvrer son potentiel magique, et va devenir la cible d'Artemis.

Artemis parvient à capturer Holly, en échappant à son mesmer grâce à des lunettes réfléchissantes. Julius Root, commandant des FAR, avec l'aide technique du centaure Foaly, la localise dans un baleiner. Arrivé sur place, il tombe dans un piège tendu par Artemis. Les FAR encerclent alors le manoir des Fowl et suspendent le temps autour de la zone afin de pouvoir libérer la prisonnière. Butler neutralise seul tout le commando de Récupération censé infiltrer la place. Artemis demande une rançon d'une tonne d'or.

Les FAR décident d'envoyer un voleur nain, Mulch Diggums, pour sauver Holly. Au même moment, celle-ci parvient à terminer le Rituel et à se libérer. Il découvre qu'Artemis possède une copie du Livre, que Holly est vivante mais échoue dans sa mission : les fées doivent se plier aux ordres des humains et Artemis lui a ordonné de rester dans le manoir. Bulter finit par rattraper Mulch, celui-ci décide alors de prendre le large et dissimule sa fuite aux FAR en se faisant passer pour mort.

Suite à l'échec de Root, Briar Cudgeon, un lieutenant des FAR sans scrupules, prend le commandement temporaire des