Cette œuvre comprend 20 chapitres, dont les sept premiers et les deux derniers se passent en Bretagne, le huitième sur la route de Paris, et les autres à Paris.

En Bretagne, l'abbé de Kerkabon vit près de St Malo, en Basse Bretagne, avec sa sœur, Mlle de Kerkabon, dans un prieuré fondé par St Dunstan. Ils rencontrent un Huron (un Indien du Canada) et décident de l'adopter, en le nommant rapidement « l'Ingénu » parce qu'il « dit toujours naïvement ce qu'il pense ». Ils le convertissent au catholicisme et l'incitent à se baptiser, mais il tombe amoureux de Mlle de St Yves, sa marraine. Il veut se marier avec elle, ce qui est interdit par la religion chrétienne. Pour éviter tout problème lié à cet amour interdit, l'abbé de Kerkabon envoie Mlle de St Yves au couvent. Ensuite, le prieuré est attaqué par les Anglais que repousse l'Ingénu, ce qui lui permet de devenir un héros, et il décide de se rendre à Versailles pour se faire remettre une récompense.

L'Ingénu part donc vers Paris pour aller recevoir sa récompense des mains du Roi. Sur son chemin, il rencontre des protestants persécutés à la suite de la révocation de l'Édit de Nantes. Il parle ensuite avec eux de leurs conditions de vie, et du pouvoir de l'Eglise sur le roi, ce qui l'émeut. Malheureusement, un espion les entend et informe le roi de la discussion qu'il a épiée.

L'Ingénu arrive à Paris où il fait part de son indignation face aux persécutions que subissent les protestants. Il réclame également la libération de Mlle de St Yves du couvent où elle a été mise, ainsi qu'une unité de cavalerie pour défendre la Bretagne des invasions Anglaises. Cependant, à la suite des propos qu'il avait tenus avec les protestants sur son chemin, il est embastillé et partage sa cellule avec Gordon, prisonnier de Port-Royal. Gordon devient un maître pour l'Ingénu : il lui apprend la physique, la science, mais surtout la philosophie, ce qui permettra au Huron de penser par lui-même et de se former un esprit critique. Il