Nelligan naît le 24 décembre 1879 à Montréal au 602, rue de La Gauchetière. Il est le premier fils de David Nelligan, un anglophone irlandais arrivé au Québec vers l'âge de douze ans, et d'Émilie Amanda Hudon, Québécoise francophone de Rimouski. Il a deux jeunes sœurs, Béatrice et Gertrude.

Il passe une enfance aisée, entre la maison de Montréal et la résidence d'été des Nelligan à Cacouna au Québec. Il s'absente souvent de l'école et sa mère s'occupe alors de son éducation. Il vit pratiquement toute sa vie à Montréal avec sa famille.

En septembre 1893, Nelligan commence son cours classique au Collège de Montréal, mais il échoue ses éléments latins qu'il reprend l'année suivante. Il échoue aussi en syntaxe. Après une autre année où son père, inspecteur des postes, l'emmène avec lui pour le reprendre en main, Nelligan reprend ses études classiques au printemps 1896, cette fois au Collège Sainte-Marie de Montréal.

Cependant, doué d’un talent précoce comme Arthur Rimbaud, il envoie dès cette époque ses poèmes au journal Le Samedi de Montréal, lequel publie son premier poème le 13 juin 1896, qu'il signe sous le pseudonyme d'Émile Kovar. Il s'agit de Rêve fantasque. Nelligan n'a alors que 16 ans.

En 1896, il se lie d'amitié avec le poète Arthur de Bussières qui vient d'être admis à l'École littéraire de Montréal récemment fondée et décide de consacrer le reste de sa vie à la poésie.

En février 1897, parrainé par Joseph Mélançon, Nelligan devient à son tour membre de l'École littéraire de Montréal et abandonne définitivement ses études. Il assiste assidument aux réunions de l'École et y lit ses poèmes, mais il démissionne le 27 mars avec son parrain. Il continue de publier de façon épisodique, mais sa poésie est en butte au conservatisme littéraire de l'époque.

Au printemps de 1898, Nelligan père, qui n'apprécie guère le mode de vie bohème d'Émile, décide de lui apprendre de force le travail en l'envoyant faire un voyage en Angleterre. Cependant, le