Pascal Quignard naît dans une famille de grammairiens et d’organistes. Son père est proviseur, sa mère principal de collège. Son grand-père maternel est le grammairien Charles Bruneau. Il grandit au Havre. À l’âge de 18 mois (1949), il passe par des périodes d’« autisme », lesquelles se renouvellent lorsqu’il a 16 ans. Plus tard, il déclare à ce propos : « Ce silence, c’est sans doute ce qui m’a décidé à écrire, à faire cette transaction : être dans le langage en me taisant ». Son enfance est difficile la plupart du temps. Il souffre notamment d'anorexie. Ses intérêts le portent vers les langues et les littératures anciennes ainsi que la musique. Il s'essaie au piano, à l'orgue, au violoncelle, au violon et à l'alto.

Il suit des études de philosophie à Nanterre, de 1966 à 1968, où il est condisciple de Daniel Cohn-Bendit. Parmi ses professeurs : Emmanuel Levinas et Paul Ricœur. Il s'apprête à entamer une thèse sous la direction de Levinas, mais la révolte de Mai 68 contrarie cette voie : la pensée a « vêtu un uniforme qui ne [lui] convient plus » et il s’éloigne de la philosophie. C’est dans ce contexte qu’il travaille à ses premiers livres, et retrouve l'orgue familial d'Ancenis. Il est aussi libraire bouquiniste.

Son premier livre est un essai, consacré à Leopold von Sacher-Masoch (L'Être du balbutiement), qui lui vaut d'être remarqué par Louis-René des Forêts chez Gallimard qui l'incite à collaborer à sa revue L'Éphémère (qui accueille entre autres Yves Bonnefoy, André du Bouchet, Michel Deguy, Philippe Jaccottet, Michel Leiris).

Publié en 1969 au Mercure de France, Quignard devient parallèlement lecteur dans cette maison et chez Gallimard. Il entrera au comité de lecture de ces éditions en 1976. Il publie plusieurs essais, sur Maurice Scève, Lycophron et Michel Deguy, un premier roman en 1976, Le lecteur, considéré par certains comme largement inspiré de la pensée de Maurice Blanchot, puis un deuxième, Carus, qui reçoit le prix des Critiques en 1980.