Bioinformatique des proteines

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MEMOIRE

présenté devant l'Université Claude Bernard - Lyon 1 pour l'obtention de

L'HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES

par

Christophe GEOURJON

lundi 11 décembre 2000

Bioinformatique structurale des protéines

JURY : Mr. A.J. COZZONE Mr. D. KAHN Mr. J.L. RISLER Mr. J.C. THIERRY Mr. G. DELEAGE Mr. C. GAUTIER Mr. J. SAMARUT

Président Rapporteur Rapporteur RapporteurInstitut de Biologie et Chimie des Protéines, IBCP UMR n° 5086 Pôle de BioInformatique Lyonnais Laboratoire de Conformation des Protéines 7, Passage du Vercors - 69 367 Lyon cedex 07

REMERCIEMENTS

Je tiens à remercier tout particulièrement les Docteurs Daniel Kahn, Jean Loup Risler et Jean-Claude Thierry qui ont accepté la lourde tâche de rapporteur et qui ont bien voulu juger ce travail.Mes remerciements sont également adressés au Docteur Jacques Samarut, et au Professeur Christian Gautier pour leur participation à mon jury. Je remercie le Professeur Alain Jean Cozzone tout d'abord pour m'avoir accueilli au sein de l'Institut de Biologie et Chimie des Protéines (UMR 5086), mais également pour la confiance dont il m'honore. J'ai une attention toute particulière pour GilbertDeléage, Professeur à l'Université Claude Bernard Lyon 1, mon "chef", pour sa constante disponibilité et pour avoir toujours encouragé mes initiatives en m'accordant confiance et liberté. Merci Gilbert pour ton amitié. Je remercie tous les membres du Laboratoire de Conformation des Protéines pour leur bonne humeur, et leur disponibilité, gages d'un climat de travail de qualité : Anja Böckmann,Christophe Blanchet, Christophe Combet, Martin Jambon, Roland Montserret. Je souhaite adresser des remerciements tout particulier au Docteur François Penin co-responsable du laboratoire avec Gilbert Deléage, pour avoir tenté, il y a quelques années, de me convertir à la "vraie" biologie, celle qui se fait à la paillasse … Enfin je souhaite remercier l'ensemble de mes collègues de l'IBCP, nombreux sontceux qui sont maintenant des amis, pour leur bonne humeur (parfois un peu poil à gratter). Bien évidemment dans un domaine qui se doit d'être à l'interface sont associés à mes remerciements les biologistes (secs ou humides) avec qui j'ai eu l'occasion de collaborer.

SOMMAIRE
CURRICULUMVITAE........................................................................................................................................................ 1 COLLABORATIONS MISES EN ŒUVRE.................................................................................................................... 2 INTRODUCTION................................................................................................................................................................... 3 I.1.CONTEXTE...................................................................................................................................................................... 3 I.1. BASES DE DONNÉES GÉNÉRALISTES EN BIOLOGIE ......................................................................................................3 I.2. BIOINFORMATIQUE STRUCTURALE...............................................................................................................................4 II - ACTIVITE SCIENTIFIQUE ANTERIEURE......................................................................................................... 6 II.1. DÉVELOPPEMENTS MÉTHODOLOGIQUES.....................................................................................................................6 Méthodes SOPM etSOPMA........................................................................................................................................... 6 Méthode MLRC ................................................................................................................................................................ 6 Développement d'une méthode de modélisation moléculaire sous contraintes....
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