Bioinformatique

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PHYLOGENIE MOLECULAIRE
HAFIDI ALAOUI Asmaa 17/07/2009

La phylogénie moléculaire est l'utilisation de la séquence des macromolécules biologiques pour obtenir des informations sur l'histoire évolutive des êtres vivants et notamment sur leurs liens de parentés, leur phylogénie. Le produit d'une analyse de phylogénie moléculaire est un arbre phylogénétique. Les macromolécules biologiques tellesque l'ADN, l'ARN ou les protéines sont des composants fondamentaux de tous les êtres vivants. Ces molécules sont des polymères constitué de l'enchaînement de briques moléculaire de base dont la

succession constitue la séquence primaire. La parenté des êtres vivants considérés est reflétée par la similarité de ces séquences primaires. Jusqu'à une date assez récente, la séquence primaire desmolécules biologiques n'était pas directement accessible. Cependant, au cours des dernières années, l'avènement de la PCR et du séquençage d'ADN ont permis un développement très important de cette approche, ce qui a eu pour conséquence de profondément remanier la vision traditionnelle de la classification des organismes. Malgré les problèmes qu'elle a pu rencontrer, la phylogénie moléculaire a ainsipermis de redonner un nouveau souffle à la science taxonomique en permettant de mieux comprendre l'évolution de certains traits morphologique des organismes. Ces arbres phylogénétiques représentent des arbres (au sens informatique du terme) qui montrent les relations de parentés entre les espèces (les feuilles de l’arbre) ou d’autres entités (des gènes, par exemple) supposées avoir un ancêtre commun(les noeuds de l’arbre). Mais ils ont plus qu’une utilité historique, avec plusieurs applications médicales : identifier les souches d’un virus, leur origine commune, ou encore, pour le VIH, la rapidité de ses mutations chez un malade pour déterminer si le traitement est efficace, Comprendre les liens entre espèces. On parlera donc souvent de taxons quand on évoquera les feuilles des arbresphylogénétiques la phylogénie moléculaire peut être associée de domaines tels que la médecine légale ou les tests génétiques. On fait à travers ce rapport les principes généraux de méthodes liées à la phylogénie moléculaire

Notions de base en phylogénie
1/ Quelques définitions • • • • • • • • Phylogénie Classification hiérarchique et automatique Indices de comparaisons Notion de taxon Explosiondes combinaisons

2/ Caractéristique d’arbres Nœud Racine Ordres de branches

3/ Représentation graphique d’un arbre 4/ variété d’arbre 5/arbre d’espèce et arbre de gène 6/ groupes monophylétique et polyphylétique 7/Spéciation et duplication des gènes 8/Notion d’évolution

Notions de base en phylogénie
1/ Quelques définitions Phylogénie « Enchaînement des espèces animales et végétales aucours du temps » (Haeckel, 1866). « Cours historique de la descendance des êtres vivants » (Darwin, 1872) . C’est aussi l’histoire graphique de cette histoire : notion d’arbre phylogénétique
Reconstruction de l’histoire évolutive des êtres vivants. Le terme phylogenèse a été introduit par Haeckel en 1866. Les fondements de la systématique phylogénétique ou cladistique ont été formulés par WilliHennig, en 1950. L’analyse phylogénétique a pour objectif de reconstruire des liens de parenté entre les organismes et d'estimer leurs temps de divergence Un arbre phylogénétique est une représentation graphique de la phylogenèse d’un groupe de taxons. Les sommets représentent les taxons ou les unités évolutives (OUTs – operational taxonomic units). Les noeuds internes représentent des ancêtreshypothétiques. Les branches définissent les relations entre les taxons en terme de descendance.

Classification : Arrangement des êtres ou choses en groupes selon des critères variables. Actuellement, classification phylogénétique : basée sur des relations de parenté des taxons. Indices de comparaisons
Caractères = tout attribut observable chez un organisme. Il permet de faire des comparaisons...
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