La phylogénie est l'étude des relations de parentés entre différents êtres vivants en vue de comprendre l'évolution des organismes vivants. On peut étudier la phylogénie d'un groupe d'espèces mais également, à un niveau intraspécifique, la généalogie entre populations ou entre individus.

Phylogénie à trois domaines, prenant en compte les résultats de la cladistique et de la génétique, par Hervé Le Guyader, Guillaume Lecointre et Purificacion Lopez-Garcia.
On représente couramment une phylogénie par un arbre phylogénétique. Le nombre de nœuds entre les branches, qui représente autant d'ancêtres communs, indique le degré de parenté entre les taxons. Plus il y a de nœuds et donc d'ancêtres entre deux espèces, plus leur parenté est éloignée, c'est-à-dire que leur ancêtre commun est ancien.
Dans un arbre (dendroramme) élaboré par phénétique (phenogramme), la longueur des branches représente la distance génétique entre taxons ; dans un arbre élaboré par cladistique (cladogramme), on place sur les branches les événements évolutifs (états dérivés de caractères homologues) ayant eu lieu dans chaque lignée.
Présentation[modifier | modifier le code]

La systématique, l'étude de la diversité biologique en vue de sa classification, se concentre, à la lumière des découvertes récentes, sur une classification phylogénétique remplaçant à présent la classification classique. La classification classique établit des groupes ou taxons en fonction d'un simple critère de ressemblance globale. Une classification phylogénétique suppose que l'on regroupe les êtres vivants en fonction de leurs liens de parenté. Tout groupe systématique (ou « taxon ») renferme donc des êtres vivants proches entre eux génétiquement (ce qui n'est pas toujours corrélé à une ressemblance phénotypique globale). Les liens de parenté entre deux membres d'un taxon sont toujours plus étroits que les liens de parenté entre un membre quelconque du groupe et un être vivant extérieur au groupe (il arrive que ce