Un des thèmes très exploité dans le roman "Dieu et nous seuls pouvons" est la justice (et par la même occasion, l'absence de celle-ci: l'injustice). On peut voir que dans cette histoire, qui se déroule dans une époque beaucoup plus reculée que la notre, dans les environs du Moyen-âge, le système de justice était très différent de celui que nous connaissons de nos jours au Canada. Dans le roman, les gens arrêtés -parfois sans aucune raison valable- étaient conduits devant les sergents qui les jugeaient rapidement et sans trop se soucier des faits, des preuves et des protestations et explications des accusés. Puis, selon la volonté de quelques individus responsables de condamner ou non les pauvres gens, les accusés étaient envoyés pourrir en prison en attendant de subir leur peine, comme ce fut le cas de Justinien Trouvé, arrêté en même temps que les saltimbanques et accusé d'être leur associé, sans aucune preuve. Les peines étaient le plus souvent soit plusieurs années aux galères (où les accusés seraient maltraités et travailleraient comme des bêtes dans les navires appartenant au roi (sort destiné à Justinien au début de l'histoire)), soit une condamnation à mort des plus barbares et douloureuses (pendaison, décapitation ou, encore mieux, découpage, membre par membre, du malheureux accusé, jusqu'à ce que mort s'en suive- méthode appelée rouage- (Galine fut exécuté de cette façon))sur la place publique, sous les regards assoiffés de sang des sadiques villageois excités par l'horrible spectacle. Nous sommes bien loin des prisonniers qui purgent le sixième de leur peine dans une prison où ils sont bien nourris et logés, avant d'être remis en liberté sans plus d'histoires! Pour compléter le tableau assez noir qui nous est dressé du système de justice- plutôt injuste- dans le livre de Michel Folco, on nous montre à quel point les pauvres étaient désavantagés par rapport aux riches; les démunis croupissaient dans de sombres cellules humides et nauséabondes avec à peine