Comme pour n’importe quel le barrage, la construction du barrage de Méroé a un fort impact sur l’environnement au milieu duquel il à été construit. On ne peut que faire une brève présentation de l'impact bénéfique et des effets indésirables du barrage sur ce milieu tellement le sujet est complexe et controversé. On pourra noter que l’inauguration du barrage est encore très récente et on trouve peu d’information sur la situation de l’après barrage. Vie sauvage:
Selon le site officiel du barrage de Méroé, la construction de cette structure n’aurai qu’un impact minimal sur la vie sauvage, en raison de la rareté de celle-ci dans la zone alentour. On se trouve en effet dans une région au climat désertique qui ne constitue pas un refuge pour les espèces sauvages. Il n’y a donc pas eu de problématique de déplacement de la faune terrestre locale. En revanche la faune aquatique restait relativement présente avant la construction. Des animaux comme les crocodiles, les varans ou encore divers oiseaux aquatiques ont perdu leur milieu naturel en raison des disparitions des berges du Nil (celles nouvellement crées sont constituées de roche nues ne permettant pas la nidification) ainsi que celle des arbres, abris de repos pour les oiseaux. De plus les oiseaux échassiers qui recherchent leur nourriture dans des eaux peu profonde perdront également leurs aires d’approvisionnement en raison de l’augmentation du niveau d’eau. Cependant les responsables du projet affirment que la création d’un réservoir fournira un habitat supplémentaire pour d’autres espèces aquatiques. Qualité de l'eau:
Dans la vallée de la rivière du Nil entre Abou Hamed et Merwoe, la biomasse végétale présente dans les domaines du réservoir n’était pas très conséquent par à d’autre emplacement de barrage. Elle a été estimée à moins de 10 tonnes / ha en moyenne comparativement à 300-900 tonnes / ha dans les forêts tropicales humides.
Sur ce total, quelque deux t / h sera facilement biodégradable