Compte-rendu de tp de bio informatique : etude d’une séquence associée à une pathologie.

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  • Publié le : 20 mars 2011
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Compte-rendu de TP de bio informatique : Etude d’une séquence associée à une pathologie.

Des zoologistes étudiant une famille de tigres de Sibérie obtinrent lors d’une portée trois individusatteins de desquamation sévère et de problèmes de vision. Ces symptômes ressemblent fortement à ceux obtenus lors d’une carence en vitamine A. Or après une analyse plus poussée de ces trois individus ilsont observés qu’il n’avaient aucun carence en vitamine A. Ils ont donc chercher à déterminer une anomalie au niveau du métabolisme de cet vitamine, et ont trouver un ARNm de 783pb anormalementsurexprimé.
Nous allons donc étudier la séquence du transcrit de cet ARNm.

Première étape : recherche de séquences similaires

Cette étape nous permet de comparer notre séquence à d’autresconnues afin de pouvoir trouver des similitudes qui nous permettraient de trouver sa fonction dans l’organisme.

Nous avons effectué un Blast de la séquence sur le site dehttp://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi

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Figure 1 : séquences similaires comparées par BLAST

La recherche nous indique une complémentarité avec de nombreuses séquences plus ou moins similaires, avec des scores et desE-value différentes. Ensuite, nous décidons d’observer plus précisément ces différences en comparant les 15 premières séquences les plus ressemblantes à notre séquence expérimentale par ClustalW2, quiidentifie les mutations ponctuelles et les séquences conservées.
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Figure 2 : observation des mutations en acides aminés des 15 séquences les plus proches.

Le but est de déterminer lesrépercutions des mutations sur le phénotype de l’animal.
Pour cela, nous allons étudier les possibles modifications structurales de notre protéine dues à ces mutations. nous allons donc la comparer àune protéine de référence connue dans la banque de donnée PDB, qui est la Retinol-binding Protein 4 (RBP4) dont le code pdb est 3FMZ, nous permettant d’accéder à la structure tridimensionnelle...
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