La terreur mise en place par les franquistes relève dès le début d'une volonté délibérée de détruire les fondements de la République espagnole. du 25 mai 1936, le général Emilio Mola prévoit de « tenir compte de ce que l'action doit revêtir une violence extrême pour réduire le plus vite possible un ennemi qui est fort et bien organisé », prévoyant de soumettre à « des châtiments exemplaires » les dirigeants politiques et syndicaux et les notables qui ne soutiendraient pas le mouvement. Pour des raisons « relevant à la fois de la propagande et de l'autosuggestion », l'action est présentée comme préventive, afin d'empêcher une révolution communiste suscitée par les marxistes et les anarchistes : la politique d'extermination se présente d'emblée comme revêtue de la « légitimité » manichéenne d'un « combat du bien contre le mal ».
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Dès le début du conflit, les nationalistes mettent en œuvre une politique de répression violente pour réduire leurs adversaires, mais aussi pour soumettre une majorité hostile dans de nombreuses régions du pays.

La répression dans les territoires conquis par les nationalistes commence par l'exécution des dirigeants syndicaux et du gouvernement républicain, souvent abattus sur-le-champ. Les officiers restés fidèles au gouvernement sont également exécutés
Une fois les premières troupes nationalistes parties, la répression est poursuivie par la Phalange et par les requetés, qui se livrent à une purge de la population civile, visant dirigeants syndicaux, fonctionnaires du gouvernement républicain, politiciens de centre-gauche mais aussi intellectuels et enseignants supposés sympathisants de la République.

La répression est particulièrement intense dans les fiefs de l'UGT et de la CNT, et tout particulièrement dans les régions où le Front populaire avait remporté les élections. A Logroño, plus de 2000 personnes sont exécutées et enterrées dans des fosses communes.
Au Pays basque, la répression vise notamment le clergé et les milieux