Peu de choses nous sont connues sur la vie d'Hérodote. Le principal de ce que l'on sait est tiré de ses propres œuvres. Des notices lui ont été consacrées par Denys d'Halicarnasse, Plutarque, Lucien ou la Souda.

Fils de Lyxès, il est sans doute né durant la seconde guerre médique (480-479 av. J.-C.). Il est membre d'une famille importante bien que le nom de son père indique qu'il était probablement d'origine « barbare », plus précisément carienne, la Carie étant au contact d'Halicarnasse[1]. Il est sans doute le neveu de Panyasis, éminent poète épique, que l'on comparait alors à Homère, mais le lien de parenté, réel, n'est pas connu avec certitude. Dans sa jeunesse, en 469, il suit sa famille, adversaire du tyran Lygdamis II (ou Lydamis ou Lygdamos, v. 470/v. 450), en exil à Samos.

C'est vers cette époque qu'il faut placer les principaux voyages d'Hérodote dont il a rendu compte dans ses Histoires : un séjour en Égypte (« L'Égypte est un don du Nil » II, 10 , il décrit son peuple comme ayant "la peau noire et les cheveux crépus" ) avec un déplacement à Cyrène et un retour par la Syrie et par Tyr, une visite sommaire de l'empire perse, Babylone, la Colchide et Olbia, la Macédoine. Aucun de ces voyages ne semble l'avoir mené en Méditerranée occidentale.

De retour à Halicarnasse, en Carie, vers 454, il participe à l'insurrection qui renverse la tyrannie. Peu après, il est de nouveau inquiété et s'établit à Athènes où il se lie avec Sophocle, qui écrit un poème en son honneur en 450 (on en a conservé des fragments par Plutarque). Il suit ensuite les colons qui, à l'instigation de Périclès, partent fonder Thourioi, en Grande Grèce. C'est là qu'il finit la rédaction de ses œuvres et qu'il meurt vers 420 av.