Dès l'âge de 4 ans, Oda décide de suivre une carrière de mangaka et se passionne pour les vikings et les pirates.

En 1992, il reçoit les honneurs du 44e Prix Tezuka pour sa nouvelle Wanted, un western dont le héros est hanté par le fantôme d'un homme qu'il a tué. L'année suivante voit sa première publication professionnelle, Kami kara mirai no puresento (Un cadeau de dieu pour l'avenir), dans le Jump Original d'octobre 1993. La même année, il gagne le concours de talent mensuel organisé par la rédaction du Weekly Shōnen Jump, le Tenkaichi Manga Award, avec la nouvelle intitulée Ikki Yakō (Le Voyage d'une nuit pour un diable).

Après avoir abandonné l'université, il se rend à Tōkyō en 1994 et devient l'assistant de trois mangaka travaillant pour le Weekly Jump : Shinobu Kaitani (Midoriyama Police Gang), Masaya Tokuhiro (Jungle no ōja tar-chan, Mizu no tomodachi kapparman) et Nobuhiro Watsuki (Kenshin le vagabond).

En parallèle de son travail d'assistant, Eiichirō Oda publie deux nouvelles : Monstres dans le Autumn Special de 1994 et la première des deux versions de Romance Dawn dans le Summer Special de 1996. Quelques mois plus tard, il fait enfin sa première apparition dans les pages du Weekly Shōnen Jump avec la deuxième version de Romance Dawn.

Mais Oda ne connait véritablement le succès qu'après la publication du premier chapitre de son œuvre phare, One Piece, dans le numéro 34 du Weekly Shōnen Jump de 1997. Le manga gagne alors très vite en popularité et devient une référence incontournable du genre shōnen au même titre que Dragon Ball de Akira Toriyama. Il est l'un des rares mangakas à avoir dépassé la barre des 100 millions de mangas vendus pour une œuvre au Japon et chaque nouveau tome de la série se vend à plus de deux millions d'exemplaires.

En 2004, il s'est marié avec Chiaki Inaba, une actrice ayant doublé Nami dans un épisode spécial du Jump Festa.

Le 25 décembre 2006, le Weekly Shōnen Jump publie pour célébrer le 10e anniversaire de