Œuvres complètes:
Contes et Nouvelles, Les Rougon-Macquart, édition établie par Henri Mitterand, Bibliothèque de La Pléiade (Gallimard)
Œuvres complètes, édition établie par Henri Mitterand, Cercle du Livre Précieux.
Les Rougon-Macquart, édition établie par Colette Becker, Bouquins (Robert Laffont).
Œuvres complètes, sous la direction de Henri Mitterand, Nouveau Monde Éditions.
Œuvres critiques:
Mes haines, causeries littéraires et artistiques, A. Faure, Paris, 1866.
Mon Salon, Librairie centrale, Paris, 1866.
Édouard Manet, étude biographique et critique, E. Dentu, Paris, 1867.
À propos de l'Assommoir, en collaboration avec Édouard Rod, 1879.
Le Roman expérimental, Charpentier, Paris, 1880; nouvelle édition commentée, GF-Flammarion, 2006.
Nos auteurs dramatiques, Charpentier, Paris, 1881.
Les Romanciers naturalistes, Charpentier, Paris, 1881.
Le Naturalisme au théâtre, les théories et les exemple, Charpentier, Paris, 1881.
Documents littéraires, Charpentier, Paris, 1881.
Une campagne (1880-1881), Charpentier, Paris, 1882.
Nouvelle campagne (1896), Fasquelle, Paris, 1897.
Humanité, vérité, justice. L'affaire Dreyfus. Lettre à la jeunesse, Fasquelle, Paris, 1897.
Les Quatre Évangiles, 1899.
L'Affaire Dreyfus, la vérité en marche, Fasquelle, Paris, 1901.
J'accuse (L'Aurore, 13 janvier 1898).
Romans et nouvelles:
Contes à Ninon, J. Hetzel et A. Lacroix, Paris, 1864 ; Charpentier, Paris, 1878.
La Confession de Claude (roman), A. Lacroix, Verboeckhoven et Cie, Paris, 1865.
L'Attaque du Moulin, 1880.
Le Vœu d'une morte, A. Faure, Paris, 1866.
Les Mystères de Marseille (roman), A. Arnaud, Marseille, 1867.
Thérèse Raquin (roman), A. Lacroix, Verboeckhoven et Cie, Paris, 1867.
Madeleine Férat (roman), A. Lacroix, Verboeckhoven et Cie, Paris, 1868.
Nouveaux Contes à Ninon, 1874.
Nantas, 1878.
Les Soirées de Médan (1880), en collaboration avec Maupassant, Huysmans, Léon Hennique, Henri Céard et Paul Alexis, Charpentier, Paris, 1880.
Jacques