Au début du Xvième, l'esclavage en Europe connaît un certain recul du fait de l'expansion du Christianisme cependant, il connaît un essor certain dans les colonies américaines. Les Royautés comme celle d'Espagne réprouve l'esclavage mais l'autorise dans le cadre d'une « guerre juste ». Par exemple, les espagnols étaient contre l'esclavage sauf pour les Tainos parce qu'ils étaient des indigènes anthropophages. Il y eut à cette époque plusieurs contestataires de cette pratique, le Pape Paul III dans ses bulles pontificales condamnent l'esclavage des peuples indigènes et « toute mise en doute de la pleine humanité de ceux-ci » et « tout peuple qui pourrait être découvert dans l'avenir ». Il y eut ensuite la Controverse de Valladolid de 1550 à 1551 qui opposait le dominicain Bartholomé de las Casas et le théologien Juan Ginés de Sepulvéda. Les deux penseurs ont alors débattu pendant des mois en partie au travers de lettres, si les Espagnols pouvaient coloniser et dominer les Amérindiens par droit de conquête avec la justification morale selon laquelle il mettrait fin aux pratiques précolombiennes comme le sacrifice humain ou si les indigènes avaient des sociétés légitimes malgré leurs traditions immorales.

Cependant, après la conquête de ces terres, les peuples indigènes furent décimés à cause des maladies apportées par les conquistadors mais aussi par les maltraitances qu'ils ont subi. En effet, les colonisateurs européens amenèrent des maladies inconnues des Indiens non immunisés contre des maladies comme la coqueluche, la rougeole ou encore la variole ce qui conduisit à un taux de mortalité de 90%. Il s'avère que ce taux de mortalité n'est pas tout à fait accidentel, en effet, on sait que des généraux européens ont autorisé la distribution de couvertures contaminées aux Indiens afin qu'ils soient exterminés par les maladies. Les Européens ont aussi mener des guerres d'exterminations lors de la conquête des terres et ont fait subir aux autochtones des violences