Prise en main rapide du logiciel Avogadro – Editeur de structures chimiques

Modification de la couleur d’arrière-plan
La couleur d’arrière-plan (initialement noire) peut être changée grâce au menu Vue > Couleur d’arrière-plan …
Pour dessiner un modèle moléculaire
Sélectionner l’outil dessin en haut.
A l’aide de la souris, bouton gauche maintenu appuyé, on obtient, en étirant puis en relâchant, d'abord l'éthane, puis en reproduisant l'opération à partir d'un des deux carbones, un alcane linéaire de plus en plus grand.
Partant ensuite d’un atome de carbone de la chaîne carbonée, on peut avec le même principe obtenir un alcane ramifié. Pour annuler une action : menu Edition > Undo ... ou plus simplement CTRL+Z.
Académie de Nantes

Optimisation manuelle de la représentation moléculaire
L'outil de manipulation permet d'optimiser manuellement la représentation d'une molécule : en cliquant sur cet outil, on peut ensuite déplacer un atome sans rompre de liaison(s).
Optimisation automatique de la représentation moléculaire
Avec le menu Extensions > Optimisation de la géométrie … , on obtient un modèle respectant la géométrie de la molécule (longueurs relatives des liaisons, angles entre liaisons, ...).
Pour représenter une molécule autre qu'un alcane
1) Exemple de l'éthylène
A partir de l'éthane (outil dessin sélectionné, puis cliquer et étirer sur la zone de travail), cliquer sur la liaison
C-C : on obtient l'éthylène; un clic supplémentaire donne l'acétylène.
On retrouve l'éthane en cliquant une fois de plus.
2) Exemple de l'éthanol
A partir de l'éthane, cliquer sur
, et dans la liste déroulante l'oxygène. En cliquant sur un des 6 atomes d'hydrogène, celui-ci est substitué par un groupe hydroxyle -OH.

, choisir

3) Passage de l'éthanol à l'éthanal puis à l'acide éthanoïque

L'oxygène étant toujours sélectionné dans la liste, en cliquant sur la liaison C-O, on obtient l'éthanal :

Puis en cliquant sur l'atome d'hydrogène du groupe fonctionnel, on obtient l'acide