Écrit à la première personne, le roman relate les trois jours durant lesquels Holden Caulfield vit seul dans New York, après avoir été expulsé de Pencey Prep (école préparatoire).

Dans les premiers chapitres, il évoque ses rencontres avec des étudiants de Pencey (en particulier Stradlater et Ackley), qu'il qualifie de superficiels. Après avoir été renvoyé du collège, Holden fait rapidement ses bagages et quitte l'école en plein milieu de la nuit. Ayant pris un train pour New York, il se refuse à regagner directement l'appartement familial et préfère réserver une chambre dans un hôtel sordide, Edmont Hotel. Il passe la soirée à danser avec trois jeunes filles de Seattle (dont seulement une est jolie selon lui) et rencontre une prostituée, avec qui Holden aura un léger malentendu : il refuse de faire quoi que ce soit avec elle, mais la paye quand même pour lui avoir accordé son temps. La prostituée, Sunny, revient plus tard dans la soirée pour lui demander plus d'argent qu'il était convenu et lorsque Holden refuse de payer, il reçoit un coup violent de la part de son proxénète.

Holden passe deux jours en ville, largement caractérisés par l'ivresse et la solitude. Au point qu'il finit dans un musée, où il compare sa vie avec celles des statues, qui sont fixées et ne changent jamais. L'adolescent est effrayé et nerveux à l'idée de grandir, de devenir adulte. Il se pourrait que ces doutes aient, en partie, été causés par la mort de son frère, Allie. À la fin du roman, Holden finira par faire un tour chez lui, pendant l'absence de ses parents, pour prendre des nouvelles de sa petite sœur Phoebé, « une petite crevette » de 10 ans qui se trouve être la seule personne qu'il aime littéralement et avec qui il peut communiquer aisément. L'explication du titre est donnée dans ce chapitre, lorsque Holden et Phoebé parlent du poème de Robert Burns, Comin' Through the Rye. Il s'imagine dans un champ de seigle avec des milliers de petits « mômes », il est au bord d'une