Cette fosse a pour objet de faire décanter les matières solides et les hydrolyser (liquéfier) par fermentation sous l'action des bactéries anaérobies naturellement présentes dans les effluents. Ce travail demande plusieurs semaines à plusieurs mois de séjour pour les matières fécales et déchets de cuisine. La capacité de la cuve doit donc être calculée en conséquence.

Le volume utile des fosses toutes eaux doit être au moins égal à 3 m3 pour des logements comprenant jusqu'à cinq pièces principales (nombre de chambres à coucher + 2) et doit être augmenté d'au moins 1 m3 par pièce supplémentaire. Concernant les fosses septiques, le volume minimal est de 1,5 m3 pour des logements comprenant jusqu'à cinq pièces principales et doit être augmenté d'au moins 0,5 m3 par pièce supplémentaire.

Les fosses septiques étant conçues initialement pour ne recevoir que les eaux vannes, elles doivent obligatoirement être munies d'un bac dégraisseur, s'il est prévu de les transformer en fosse toutes eaux puisqu'elles ne sont pas habilitées à prétraiter les eaux grasses. Ce bac doit être d'un volume minimal de 200 litres s'il reçoit seulement les eaux de cuisine et de 500 litres s'il reçoit les eaux de la cuisine accompagnées des eaux de salle de bain. Les fosses toutes eaux en revanche sont munies d'une paroi siphoïde assurant la fonction de dégraissage.

Dans les cas où la fosse toutes eaux serait éloignée de l'habitation (plus de 10 mètres) il est alors recommandé d'installer tout de même un bac dégraisseur, juste après le regard de collecte des eaux usées. Cela permet de se prémunir contre tout risque de colmatage des canalisations par les graisses.

La fosse n'assure qu'une fonction de pré-traitement ; seulement 30 % de la pollution carbonée est détruite. Le traitement proprement dit est le plus souvent assuré par le sol, au moyen de tranchées d'épandage. Cela suppose que les caractéristiques pédologiques des sols soient compatibles : suffisamment perméable mais pas trop