L'œuvre essentielle d'Andersen, qui lui valut la célébrité mondiale, est constituée par ses contes. S'inspirant des récits populaires, empruntant ses personnages et ses intrigues à la légende, à l'histoire ou à la vie quotidienne, il écrivit 164 contes, dont les quatre premiers furent publiés en 1835. Destinés aux enfants, ils s'adressent aussi aux adultes par leur imagination poétique et surtout par le sens moral ou philosophique qui se cache derrière l'anecdote.
Dans l'œuvre d'Andersen, plusieurs personnages doivent faire un choix entre la raison et le sentiment. Andersen, lui, ne tranche pas vraiment : dans certains contes le personnage va choisir la raison, dans d'autres il choisira le sentiment.

Elle n'était bonne à rien (1853) : l'héroïne a renoncé à l'amour et au bonheur par raison, pour respecter les convenances. Andersen montre comment les prétentions et préjugés humains brisent des idylles. Histoire d'une vie gâchée.
Comme dans tous les contes, le merveilleux est très présent dans les récits d'Andersen, notamment celui qui appartient au folklore danois.

Il parle souvent des nixes (petits lutins attachés à chaque maison), des trolls, des fées, des sorcières, des gargouilles, des elfes, des ondins, des dryades.

Les malédictions sont aussi le point de départ de plusieurs contes :

Les cygnes sauvages (1838)

La fille du roi de la vase (1858)

Les souliers rouges (1845)

Hans Christian Andersen s'est beaucoup inspiré du folklore des pays nordiques, des croyances, des légendes. Ainsi on retrouve plusieurs fois le thème des cigognes qui apportent les bébés : Les cigognes (1839), Pieter, Peter, Pier (1867), La fille du roi de la vase (1858).