Henri IV est né à Pau, alors capitale de la vicomté souveraine de Béarn (située aujourd'hui dans la région Aquitaine), dans le château de son grand-père maternel le roi de Navarre5. Henri d’Albret désirait depuis longtemps que sa fille unique lui donnât un héritier mâle. Aussitôt né, Henri est donc remis entre ses mains. Les chroniqueurs racontent qu’il lui frotta les lèvres avec une gousse d'ail et lui fit respirer une coupe de vin, sans doute de Jurançon, où le roi de Navarre possédait une vigne. Ce genre de pratique était courante avec les nouveau-nés, dans le but de prévenir les maladies.
Henri passe une partie de sa petite enfance dans la campagne de son pays au château de Coarraze6. Fidèle à l'esprit du calvinisme, sa mère Jeanne d'Albret prend soin de l'instruire dans cette stricte morale, selon les préceptes de la Réforme.
À l'avènement de Charles IX en 1561, son père Antoine de Bourbon l'amène vivre à la cour de France. Il y côtoie le roi et les princes de maison royale qui sont de son âge. Il est l'un des objets du conflit qui oppose ses parents en désaccord sur le choix de sa religion, sa mère désirant l'instruire dans le calvinisme et son père dans le catholicisme.
Durant la première guerre de religion, Henri est placé par sécurité à Montargis sous la protection de Renée de France. Après la guerre et le décès de son père, il est retenu à la cour comme garant de l'entente entre la monarchie et la reine de Navarre. Jeanne d'Albret obtient de Catherine de Médicis le contrôle de son éducation et sa nomination comme gouverneur de Guyenne (1563)7.
De 1564 à 1566, il accompagne la famille royale durant son grand tour de France et retrouve à cette occasion sa mère qu'il n'avait pas revue depuis deux ans. En 1567, Jeanne d'Albret le fait revenir vivre auprès d'elle dans le Béarn.
En 1568, Henri participe à titre d'observateur à sa première campagne militaire en Navarre. Il poursuit ensuite son apprentissage militaire durant la troisième guerre de religion.