La souris a été inventée en 1963 par Douglas Engelbart du Stanford Research Institute et présentée au public en 1968. Elle a été améliorée par Jean-Daniel Nicoud à l'EPFL dès 1979 grâce à l'adjonction d'une boule et de capteurs ; il fabriqua la souris Depraz qui fut à l'origine de l'entreprise Logitech. Pendant plusieurs décennies, les souris étaient des trackballs inversées. La friction de la boule contre la table permettait le mouvement du pointeur sur l'écran. Les souris à boules ont été majoritairement remplacées par les souris optiques. Le système mécanique à boule avait en effet tendance à ramasser la poussière de la surface horizontale et à encrasser les rouleaux capteurs, ce qui exigeait un nettoyage interne régulier.
De nombreux systèmes ont été imaginés pour déterminer les actions qui seront effectuées à l'écran : crayon optique, écran tactile, boule, joystick, tablette tactile, molettes diverses, tablette graphique, trackpoint.Alors que certains d'entre eux donnent un pointage absolu (les écrans tactiles, par exemple), la souris détecte un déplacement. Celui-ci, par sommation, fournit donc une position relative : par exemple, un mouvement de la souris vers la droite provoque un mouvement du pointeur à l'écran vers la droite, indépendamment de la position absolue de la souris sur le plan de travail. Si le pointeur se trouve déjà à droite de l'écran, un mouvement de la souris vers la droite n'aura aucun effet (l'environnement graphique veille en effet à ce que le pointeur ne puisse apparaître que dans des zones autorisées).La souris ne permettait au départ de fournir que deux informations de position (x et y). Ce dispositif ne convenait donc pas pour un déplacement spatial de précision exigeant trois coordonnées (x, y et z) quand ce n'était pas six (en y ajoutant les trois angles d'attaque). D'autres dispositifs, plus onéreux (ring, bat) ont été créés à cet effet. L'ajout d'une molette à la souris a cependant permis d'ajouter dans une certaine mesure