Bugenhagen (ブーゲンハーゲン, Būgenhāgen?), grand-père adoptif de Nanaki (Rouge XIII), est un vieil homme sage, âgé de 130 ans (Il nous indique son âge lorqu'il amène Nanaki à Seto (son père) pétrifié dans la Grotte des Gi)7, résidant à Cosmo Canyon. Il possède un observatoire au sommet de Cosmo Canyon et a consacré sa vie à l'étude de la Planète. Il a été en collaboration avec la Shinra et notamment le professeur Gast, qui lui a offert ses machines8. Il fournit durant le jeu des informations vitales au groupe de Clad, notamment sur Sephiroth et le Météore. À l'instar d'Heidegger, Bugenhagen est apparemment nommé d'après un philosophe allemand, Johannes Bugenhagen (1485-1558). Hojo (宝条, Hōjō?) est le directeur du département scientifique. Il était autrefois l'assistant du professeur Gast, qui était l'homme qui découvrit Jénova, et initia le projet Sephiroth. Il travaille pour Shinra, au 68e étage du Shinra Building. Sorte de savant fou, Hojo est un homme retors et cruel, qui considère des personnes comme Rouge XIII, Aeris ou même Sephiroth comme autant de cobayes intéressants ; il fit d'ailleurs des expériences sur lui-même. c'est Hojo et Lucrécia qui décident d'implanter les cellules de Jénova dans le corps de Sephiroth, alors qu'à l'état d'embryon.
Assez mystérieux et indépendant dans la ShinRa, il fera tout autant pour sa survie que pour celle de Sephiroth. Ainsi, quand le canon Sister Ray sera installé à Midgar, il utilisera la puissance de tous les réacteurs pour tirer une charge si puissante qu'elle brise la barrière du Cratère Nord.
Avant de mourir, il sauvegardera une copie de sa mémoire dans les ordinateurs de la