Classification des microorganismes Micro-organismes utiles couramment utilisés dans l'industrie alimentaire :
- les produits laitiers, le yogourt, le vinaigre, le fromage, le vin, le pain
Micro-organismes banals généralement inoffensifs, responsables des altérations :
- levures dans les yogourts
- moisissures dans les confitures et le fromage
Micro-organismes pathogènes : responsables d’intoxication alimentaire : Staphilocoque, Salmonelles, Escherichia coli, listeria

La toxi-infection
La toxi-infection alimentaire due généralement à une négligence par des manipulations peu soigneuses des aliments ou à cause de l’existence des conditions favorables à la croissance microbienne.
La contamination d’un aliment par une substance chimique ou un microorganisme débute dès sa récolte et persiste jusqu’au moment où il est consommé.
La contamination microbiologique (i.e. : bactéries, champignons, virus ou parasites). Cette catégorie comprend la plupart des cas de symptômes aigus.
Les contaminants chimiques, comprenant les produits chimiques de l’environnement, les résidus d’antibiotiques, les métaux lourds ou tout autre résidu accidentellement introduit dans la chaîne alimentaire au cours de la récolte, de l’élevage, du processus industriel, du chargement ou de l’emballage.
Les principales intoxications alimentaires sont d’origine microbiologique. BACTERIES
PARASITES
Escherichia coli (E.coli)  infection à Esherichia coli
M Amibliase
Listeria  listériose

Salmonelle Salmonellose
VIRUS
Staphylococcus intoxication stophyloccique
M Hépatite A

Réservoirs / Sources
L'homme : bactéries apportées chaque jour par toutes les personnes entrant dans la cuisine (peau, système respiratoire, système digestif).
Les aliments : par ex. Les résidus des insecticides et les pesticides dans les fruits et légumes mal lavés
L’environnement : surface de travail, matériel, locaux, mur
Les rongeurs et les insectes: bactéries apportées par des animaux