Leurs terres d'origine se situent entre les Adirondacks et les chutes du Niagara. Des traces de peuplement sont attestées dès le xe siècle av. J.-C. Au xive siècle est introduite la culture du maïs. Selon la tradition iroquoise, à cette époque il n'y avait qu'une seule tribu, habitant sur le fleuve Saint-Laurent, à qui les Algonquins apprennent l'agriculture. La formation des différentes tribus est incertaine. On sait qu'une ligue iroquoise est créée en 1570 sous le nom de Ligue des cinq nations. En 1722, les Tuscaroras entrent dans la ligue, qui devient les Six nations. La population des Iroquois est évaluée à 22 000 individus au début en 1630 et tombe à 6000 au début du xviiie siècle2.
Au xviie siècle, des guerres avec les Français, alliés aux Algonquins, aux Montagnais (Innus) et aux Abénakis, et les Britanniques, les forcent à retourner dans les limites de leurs terres ancestrales, ou, dans le cas des Iroquois christianisés par les Jésuites et persécutés par leurs compatriotes, au Canada, principalement au Québec.
En 1648-1653, les Iroquois attaquent les Hurons, les Algonquins et leurs alliés français. Ils finissent par affaiblir la confédération des Hurons qui se dispersent. Certains prisonniers étaient adoptés (ils devenaient Iroquois) alors que d'autres étaient torturés (on leur arrachait notamment les ongles avant de les brûler vifs, à petit feu) ou frappés à coups de bâton. Les guerriers mangeaient les organes des vaincus3. En 1660, quelques centaines d'iroquois gagnent la bataille de Long Sault contre 17 français et 48 alliés indiens.
Lorsque Colbert devint responsable de la Nouvelle-France, cela faisait déjà 25 ans que les Iroquois dévastaient la colonie pour détourner le commerce des fourrures des Hurons et des Outaouais avec la Nouvelle-France; les Iroquois veulent profiter de ce commerce en tant qu'intermédiaires avec Albany. 4
En 1667, les Agniers et les Onneiouts acceptent de conclure la paix.
La guerre reprit par ordre du ministre de la