Iso 22000
Rémi Bernard
Graphics courtesy of the National Human Genome Research Institute
Cellule Chromosome
transcription
traduction
Gène (ADN)
À l’échelle cellulaire
Transcrit (ARNm), Simple brin
Protéine
GENOME
(ensemble des gènes d’une cellule)
TRANSCRIPTOME
(ensemble des transcrits d’une cellule à un instant donné)
PROTEOME
(ensemble des protéines présentes dans une cellule à un instant donné
ETUDE DU GENOME
GENOMIQUE
ETUDE DU TRANSCRIPTOME ETUDE DU PROTEOME
POST-GENOMIQUE
Dans une cellule seulement une fraction des gènes est exprimée ...
Tissu nerveux
Tissu musculaire
Autre exemple: au cours d’une croissance bactérienne… Les conditions de milieu changent et les gènes exprimés aussi !
Phase Début de phase stat. stationnaire Phase Expo.
DO 600 nm
Temps (min)
Gènes de croissance (metabolisme…) Gènes de mobilité (flagelle) Gènes de carence… Gènes de survie (sporulation..) Gènes de défense (production d’antibiotique…)
Un des outils pour l’étude du transcriptome: les biopuces ou puces à ADN
Le but: détecter et quantifier chacune des différentes espèces d’ARNm présents dans la préparation. Analyser le transcriptome c’est identifier, à un temps t, et/ou dans une condition donnée, les séquences codantes du génome effectivement exprimées (transcrits, ou ARNm).
L’ ADNc ou ADN complémentaire exon intron ADN génomique, double brin
In vivo
…GAAATAAGCTGTTCTCTGCTTCAT…
Brin codant
…CTTTATTCGACAAGAGACGAAGTA…
transcription ARN messager, simple brin
(instable)
…GAAAUUCUGCUUCAU…
In vitro
rétro-transcription …CTTTAAGACGAAGTA…
ADNc, simple brin (stable)
L’ADNc ne contient que les régions codantes d’un gène (élimination des introns)
Fabrication des puces à ADN
LE BUT: représenter sur la puce l’ensemble des transcrits d’un génome et pouvoir les identifier
2 types de sondes fixées sur le support solide intron exon
ADN génomique du gène 1
ADNc Gene 1