Au bout de seulement sept courses, Trulli est recruté par l'écurie Prost Grand Prix pour remplacer Olivier Panis indisponible suite à son accident au Grand Prix du Canada. Trulli, soutenu par Briatore, décroche le volant après être sorti vainqueur d'un test comparatif face au Français Emmanuel Collard auquel la place semblait promise. Immédiatement, il se hisse à un niveau de performance digne de son prédécesseur en se qualifiant en troisième ligne du Grand Prix de France et en terminant quatrième en Allemagne après un duel avec Jacques Villeneuve. La suite est plus délicate : compte-tenu de sa faible expérience, il peine à remplir pleinement son rôle au sein de l'écurie française.

Alors que son intérim touche à sa fin, il se qualifie en troisième position à l'occasion du Grand Prix d'Autriche, prend la tête de la course dès le deuxième tour et mène jusqu'à la mi-course et la rupture de son moteur Mugen Motorsports. Le retour de Panis l'oblige à céder son volant dès la course suivante, mais sa prestation est suffisamment convaincante pour lui permettre d'être engagé à temps plein par Prost Grand Prix à compter de la saison 1998.

1998 tourne rapidement au désastre car la Prost-Peugeot s'avère aussi peu fiable que performante et Trulli ne parvient qu'à inscrire un seul point sous le déluge en Belgique. Il se console en constatant qu'en termes de performance, il prend progressivement l'ascendant sur Olivier Panis. En 1999, la situation ne s'améliore qu'à peine et il ne doit qu'à un joli coup tactique de décrocher le premier podium de sa carrière, à l'occasion du Grand prix d'Europe.

Trulli chez Jordan Grand PrixLes contre-performances des Prost-Peugeot n'empêchent pas Trulli de se bâtir une solide réputation dans le paddock. Pour les saisons 2000 et 2001, il est recruté par l'écurie Jordan qui sort d'une belle saison 1999. Souvent brillant en essais où il domine progressivement son coéquipier Heinz-Harald Frentzen, il ne parvient pas à concrétiser en