"Toute société dans laquelle la garantie des droits n'est pas assurée, ni la séparation des pouvoirs déterminée, n'a point de constitution". L'article 16 de la Déclaration des droits de l'homme et du citoyens de 1789 érige en principe l'exigence formulée par Montesquieu selon laquelle, pour assurer "la sureté des citoyens", "la puissance de juger" doit être autonome de la "puissance exécutive", elle même distincte de celle de faire des lois. C'est ainsi qu'est conçu et accepté le principe de la séparation des pouvoirs lors de la révolution française de 1789. L'objectif pour les révolutionnaires était de limiter les prérogatives du pouvoir judiciaire et de mettre fin au "gouvernement des juges", dont les parlements de l'ancien régime étaient les principaux acteurs.
Puis, la séparation des pouvoir a pris en France une signification particulière que le conseil a qualifié dans une décision du 23 janvier 1987 ("Conseil de la concurrence") de "conception française de la séparation des pouvoirs". Celle ci se distingue de la conception classique de 1789 puisqu'elle trouve son origine dans les lois des 16 et 24 aout 1790 et dans le décret du 16 fructidor an III qui interdisent aux tribunaux de l'ordre judiciaire de connaitre des litiges intéressant l'administration. Ainsi, les litiges relevant de l'administration devaient exclusivement être jugée par elle, et on évitait de cette manière une immixtion du juge judiciaire dans les affaires concernant l'administration. La "conception française de la séparation des pouvoirs" est donc aujourd’hui associée à l'existence d'une dualité de juridictions dans notre système institutionnel.
En France, le principe de séparation des pouvoirs revêt cependant une triple acceptation puisqu'il renvoie également à la conception de la séparation des pouvoirs au sein même de l'administration. Pour Montesquieu, la "puissance de juger" doit être séparée de la puissance "exécutrice". Ainsi, il faut trouver un système pour que l'administration