Les zones de massifs fleuris sont plantées de vivaces de type « Delphinium Elatum », « Gaura Lindheimeri », « Verbena Bonariensis »; dans la zone des bulbeuses des « Ranunculus Ficaria » sont spontanées et enfin dans la partie prairie éclosent au printemps des « Bellis Perennis » suivies des « Taraxacum Officinale ». Les tontes périphériques de cette dernière zone tiennent compte de la floraison et de la fructification.

Toutes les plantes sont issues de semis provenant du site et sont vivaces.
La ville de Marseille a démoli le centre horticole de Clôt-Bey afin de reconstruire de nouvelles serres sur la pépinière de La Fresnaie, à Aubagne. La production végétale sur ce site est plus respectueuse de l'environnement, les boutures provenant de végétaux plantés dans l'agglomération.
Les méthodes préventives évitant le désherbage ne sont pas bien nombreuses de par la présence d'une strate arbustive qui a été plantée de manière très dense lors de la création du Parc Central. Par ailleurs, les nombreuses plantes tapissantes (essentiel de la strate florale) ont colonisées les zones à nu aux pieds des arbustes.

La seule véritable méthode évitant le désherbage sur le site est le paillage. Le parc est constitué de terrasses imbriquées les unes dans les autres de faible hauteur, formant des angles hexagonaux servant de zones naturelles de stockage du paillage qui aurait pu dans d'autres conditions s'envoler

Le Parc Central de Bonneveine a obtenu le label « Ecojardin » suite à une revisite complète du mode de gestion appliqué jusqu’alors depuis la création de ce parc. (Re)Découvrir un mode plus sain de gestion du jardin, des espaces verts en général, est la nouvelle tendance à l’heure actuelle.

Pas de produits phytosanitaires employés, pas d’utilisation d’énergies fossiles puisque tout ou presque est réalisé soit à l’aide d’outils électriques soit manuellement… De nouvelles techniques sont réflechies, on cherche, protège,… on met en place des