Les endosomes sont des sous compartiments de la cellule, ou organites (organelles), sur lesquels les vésicules d'endocytose s'accrochent et fusionnent pour relarguer leur contenu (les molécules qui étaient à la surface de la cellule et qui ont été internalisées à l'intérieur d'une vésicule d'endocytose).

Les vésicules d'endocytose se forment à la surface de la cellule. Elles portent généralement un manteau protéinique organisé en plusieurs couches, la dernière étant formée d'un assemblage de triskels de clathrine. L'assemblage de triskels forme une cage autour de la vésicule en forme d'alvéole, qui est retirée peu après formation grâce à la protéine de stress HSP70. Les macromolécules internalisées dans la cellule par ces vésicules peuvent être des récepteurs placés à la surface de la cellule ayant interagi avec un ligand extracellulaire.

Les endosomes appelés aussi "vésicules d'internalisation", sont des compartiments qui permettent le tri des molécules internalisées par la voie endocytaire. Celles-ci pourront avoir plusieurs devenirs : repartir à la membrane plasmique (recyclage dans le cas des récepteurs membranaires par exemple), être dégradées par des systèmes de dégradation intracellulaire (protéasome par exemple), ou être redirigées vers d'autres compartiments intracellulaires (appareil de Golgi, réticulum endoplasmique, etc.), pour agir ailleurs dans la cellule.

Dans le cas où les molécules se devront d'être dégradée, les endosomes résultants de la fusion de vésicules d'endocytose par récepteurs interposés sont appelés "endosomes précoces". Ces derniers possèdent un ph égal à 7,4. Ce ph aura tendance à diminuer (acidification) grâce à l'apport constant de vésicules pré-lysosomales venant de l'appareil de Golgi (notamment des pompes à protons de la famille des pompes V). Le ph diminue par conséquent jusqu'à un ph de 6,5. L'endosome sera appelé à ce moment là "endosome tardif" qui va fusionner par la suite avec un lysosome pour donner un