Le mot chocolat proviendrait du nahuatl xocolatl[2],[3], qui est une combinaison des mots xocolli (signifiant « acide ») et atl (qui veut dire « eau »)[3],[4],[5].

Les Aztèques associaient le chocolat avec Xochiquetzal, la déesse de la fertilité. Les mayas l'associaient également à leur dieu de la fertilité (voir la section Effets non prouvés).

Le philologue mexicain Ignacio Davila Garibi suggère que les Espagnols ont inventé ce mot en associant le terme chocol et en remplaçant le mot maya haa (signifiant eau) par le terme aztèque atl[6]. Cependant, il semble plus probable que les Aztèques eux-mêmes inventèrent le mot[7], ayant adopté depuis longtemps en Nahuatl le mot maya pour la fève de cacao. En effet, les Espagnols eurent peu de contact avec les Mayas avant que Cortés rapporte au roi d'Espagne une boisson chocolatée connue sous le nom de xocolatl[8]. Wiliam Bright relève que le mot xocoatl n'apparaît pas au début de la langue espagnole ou dans les sources coloniales Nahuatl[9].
Le verbe maya chokola'j , qui signifie « boire du chocolat ensemble », a aussi été proposé comme origine possible[10].

Dans une étude controversée, les linguistes Karen Dakin et Søren Wichmann remarquent que dans de nombreux dialectes Nahuatl, le nom est plutôt chicolatl que chocolatl. De plus, de nombreuses langues parlées au Mexique (telles que le popoluca, le mixtèque, le zapotèque) et même aux Philippines, ont emprunté cette version du mot. Le mot chicol-li fait référence à des ustensiles de cuisine (toujours utilisés dans certaines régions). Depuis que le chocolat a été servi, à l'origine dans des cérémonies, avec des fouets individuels, Dakin et Wichmann considèrent qu'il semble assez probable que la forme d'origine du mot était chicolatl, ce qui pourrait signifier « boisson battue ». Dans plusieurs régions du Mexique, en effet chicolear signifie « battre, remuer