Dans Les Méditations métaphysiques, ­Descartes entreprend de refonder tout l'édifice du savoir. Comme il l'a rappelé au début du Discours de la méthode, les connaissances reçues au cours de ses études l'ont déçu : une science nouvelle doit être inventée, pour remplacer l'antique science, inspirée d'Aristote, enseignée dans les universités.
Cette refondation passe par une nouvelle conception du savoir. Le philosophe soumet à un doute systématique toutes les idées de son esprit. Il fait ainsi le tri entre les différentes façons de concevoir un objet, pour découvrir celles qui possèdent le plus haut degré de certitude et d'exactitude. La connaissance reposant sur des impressions sensibles se révèle alors inférieure à la connaissance intellectuelle, construite au moyen du raisonnement. Les sens ne nous donnent à connaître que des images superficielles et changeantes des choses. Par la raison, nous découvrons les caractéristiques générales ou abstraites qui définissent leur nature véritable.

Dans la Deuxième Méditation, Descartes illustre cette différence par un exemple. Observons « ce morceau de cire qui vient d'être tiré de la ruche ». […] « Il n'a pas encore perdu la douceur du miel qu'il contenait, il retient encore quelque chose de l'odeur des fleurs dont il a été recueilli ; sa couleur, sa figure, sa grandeur, sont apparentes ; il est dur, il est froid, on le touche, et si vous le frappez, il rendra quelque son. » On remarque que les cinq sens sont mis à contribution et semblent donner des informations précises et fiables sur le morceau de cire. Si l'on approche celui-ci d'une source de chaleur, chacune de ses caractéristiques sensibles est modifiée : il change de forme, de couleur, de consistance, il devient insipide, inodore et insonore. Bref, rien ne demeure de l'image concrète que nous en donnaient nos sens. Pourtant, nous savons bien que c'est de la même cire qu'il s'agit. Il est donc évident que, pour avoir une connaissance « claire et distincte » de la