Guillaume de Baskerville est un moine franciscain, chargé d'une mission diplomatique mais dont le rôle dans l'intrigue sera d'enquêter sur les crimes commis au sein de l'abbaye. Ancien inquisiteur, il est finalement forcé de reprendre sa charge temporairement, ce qui mettra à nu sa faiblesse lorsqu'il ne peut plus agir par la seule logique rationnelle.
De l'aveu même d'Eco, il s'agit d'un clin d'œil à Guillaume d'Ockham et son principe, dit du rasoir d'Ockham (Premier jour, Vêpres : « il ne faut pas multiplier les explications et les causes sans qu'on en ait une stricte nécessité ») ; ainsi qu'à Sherlock Holmes (en particulier au roman d'Arthur Conan Doyle Le Chien des Baskerville). Guillaume de Baskerville est, dans ce roman, le disciple de Roger Bacon, savant anglais du xiiie siècle, ce qui souligne encore son côté rationaliste. Bernard Délicieux frère lecteur du couvent franciscain de Carcassonne qui est cité dans le roman est une autre source, implicite, du personnage de Guillaume de Baskerville. Le héros du roman lui emprunte sa volonté de justice, sa défense des hérétiques et des franciscains spirituels, ses démêlés avec l'Inquisition et notamment avec Bernard Gui qui le fit emprisonner.
Guillaume de Baskerville ressemble beaucoup au Lönnrot de la nouvelle La mort et la boussole de Jorge Luis Borges (1942). Lönnrot était également « un pur raisonneur, un Auguste Dupin, mais il y avait en lui un peu de l'aventurier et même du joueur ». Tous les deux imaginent de nombreuses hypothèses, alors que les circonstances des crimes sont dues au hasard. Le meurtrier découvre dans les deux histoires, l'hypothèse forgée par l'enquêteur, et décide de l'utiliser pour l'amener à lui.Guillaume de Baskerville est un moine franciscain, chargé d'une mission diplomatique mais dont le rôle dans l'intrigue sera d'enquêter sur les crimes commis au sein de l'abbaye. Ancien inquisiteur, il est finalement forcé de reprendre sa charge temporairement, ce qui mettra à nu sa faiblesse