Enfance
L'histoire débute à Paris le 17 juillet 1738. Jean-Baptiste Grenouille, le héros du roman, naît au cimetière des Innocents, terrain qui fait aussi office de marché. Sa mère, poissonnière accouche accroupie, au milieu d'un tas de déchets, de la même manière que pour ses quatre autres précédents enfants morts-nés. Mais Jean-Baptiste Grenouille survit et se met à pousser des cris, ce qui attire l'attention des passants et conduit la mère à la condamnation à mort pour infanticide. L'enfant est alors recueilli par une nourrice. Mais la nourrice est troublée par cet enfant qui n'a pas d'odeur et le laisse aux soins d'un moine. Le moine est lui aussi troublé par la manière dont Grenouille le sent. Il s'en débarrasse chez madame Gaillard qui recueille des enfants pour de l'argent. Mais les autres enfants rejettent Grenouille en lui faisant subir des sévices physiques et en essayant même de l'étouffer.
Mais Grenouille s'accroche à la vie et résiste à toutes les maladies, il est d'ailleurs comparé dans le roman à une « tique » qui a délibérément choisi la vie en criant lors de sa naissance et par défi. Comme une tique, il peut rester patient indéfiniment, attendant le bon moment pour se libérer et accomplir la mission de sa vie.

Apprentissage
À l'âge de huit ans, il est confié à Grimal, un tanneur brutal chez qui il devient apprenti. Alors que tous les tanneurs sont troublés par l'odeur nauséabonde qui se dégage de la fabrique, Jean Baptiste s'en accommode parfaitement. Il tombe malade de la variole, maladie généralement mortelle, à laquelle il survit. Il effectue de nombreuses promenades dans Paris et découvre qu'il est doté d'un nez très fin qui lui permet de décomposer toutes les odeurs. Au bout d'un certain temps, il connaît toutes les odeurs de Paris.
Il rencontre, le soir du premier septembre 1753, une jeune fille rousse, de la rue des Marais, aux yeux verts, qui exhale une odeur indicible, ce qui le trouble profondément. Pour la première fois de sa vie,