A la mort de sa mère, la reine de Navarre, Jeanne III, Henri de Bourbon, prince de Navarre, devint alors le roi de Navarre sous le nom d’Henri III de Navarre. Le 18 Août 1572, il se maria enfin avec Marguerite de Valois sur le parvis de Notre-Dame. Un an après, il se reconvertit au catholicisme puis trois ans après au protestantisme.

En 1572, succédant à sa mère, Jeanne III, Henri devient le Roi de Navarre sous le nom d’Henri III. Le 18 août 1572, il se marie à la sœur du roi Charles IX, Marguerite de Valois, connue également sous le nom de « Reine Margot ». Cette dernière, catholique, a obligation de se marier devant un prêtre tandis qu’Henri, protestant, ne peut pas entrer dans une église. De ce fait, leur mariage est célébré sur le parvis de Notre-Dame, à la suite de quoi le roi mène son épouse au chœur et ressort aussitôt, ne pouvant assister à la messe du mariage à cause de sa religion. Malgré les réticences de la future reine, la cérémonie eut lieu et s’en suivirent plusieurs jours de fêtes. Cependant, les festivités sont de courte durée car rapidement, les problèmes religieux refont surface.En effet, avant même la fin des noces, a lieu la tentative d’assassinat de l’amiral de Coligny qui fait naître un dangereux climat de tension. Catherine de Médicis redoutait les conséquences de son initiative du mariage visant à calmer les tensions, et aurait convaincu son fils Charles IX d’ordonner le massacre des chefs protestants, dont l’amiral de Coligny. Dans la nuit du 23 au 24 août 1572, les protestants, réunis à Paris pour le grand mariage, sont massacrés. Lorsque le tocsin de l’église Saint-Germain-Auxerrois retentit, les Parisiens attaquent hommes, femmes et enfants protestants. Cet évènement, appelé Massacre de la Saint-Barthélemy, fait 3 000 victimes et se poursuit en province jusqu’en octobre. Henri de Navarre est obligé de se convertir à nouveau au catholicisme.Après ce massacre, plusieurs grands anciens catholiques, favorables à une politique en faveur