Jonathan Wells hérite de la maison de son oncle entomologiste, Edmond Wells, dans laquelle il s'installe avec sa famille. Peu à peu, il va mettre au jour les découvertes révolutionnaires des études de son oncle sur les fourmis en s'aventurant dans sa cave malgré la tentative de dissuasion de son oncle dans une lettre. Il découvre également une énigme, clef de l'intrigue : « comment faire quatre triangles identiques avec six allumettes ? ». Mais un jour il va y disparaître et peu à peu, les autres personnes qui tentent de le secourir aussi.

Parallèlement, une colonie de fourmis vit son quotidien dans une ville-fourmilière appelée Bel-o-kan. 327e, une fourmi mâle, avertit la reine que son groupe a été décimé par une force mystérieuse. Il rencontre 103 683e, une fourmi asexuée.
RésuméPersonnages principaux

Côté fourmi

103 683e : une fourmi rousse de la caste des soldates. 327e : une fourmi mâle qui cherche à faire entendre son histoire. 56e : une fourmi femelle qui accepte d'aider 327e dans son enquête. Belo-kiu-kiuni : la reine de Bel-o-Kan.

Côté humain

Jonathan Wells : un serrurier qui vient de perdre son emploi. Edmond Wells : entomologiste et inventeur, oncle de Jonathan. Lucie Wells : le femme de Jonathan. Nicolas Wells : le fils de Jonathan.
Conception

Les Fourmis est le premier tome d'une trilogie relatant les aventures d'humains et de fourmis au travers de deux fils narratifs a priori distincts, mais se recoupant par moments. Les deux histoires se poursuivent en parallèle jusqu'au moment du contact et de la communication entre les deux espèces intelligentes qui jusqu'à présent s'ignoraient mutuellement. Outre ces deux fils, le récit est entrecoupé de passages de L'Encyclopédie du savoir relatif et absolu, livre-testament d'Edmond Wells.

Bernard Werber décrit ce premier tome de la manière suivante :

« Les Fourmis. C'est le premier. Commencé à seize ans, écrit avec une discipline de quatre