Entre 1871 et 1893.
Il a voulu raconter l'histoire d'une famille sous le Second Empire et, à travers les personnages, de livre en livre, étudier l'influence sur ces personnages de l'hérédité et du milieu (objectif du roman naturaliste). De roman en roman on retrouve certains personnages, ou leur évocation : ainsi, le héros de Germinal, Etienne, est le fils de Gervaise, héroïne de L'Assommoir.

Vouloir intégrer la science au roman et le roman a la science

Émile Zola a été très profondément marqué par la découverte de la profondeur de l'œuvre d'Honoré de Balzac, vers 1865, sous l'influence d'Hippolyte Taine1. Il conçoit ainsi le cycle des Rougon-Macquart, tout en tenant à se distinguer de son prédécesseur. Zola a laissé un texte à ce propos :
« Balzac dit que l'idée de sa Comédie lui est venue d'une comparaison entre l'humanité et l'animalité. (Un type unique transformé par les milieux (Étienne Geoffroy Saint-Hilaire) : comme il y a des lions, des chiens, des loups, il y a des artistes, des administrateurs, des avocats, etc.). Mais Balzac fait remarquer que sa zoologie humaine devait être plus compliquée, devait avoir une triple forme: les hommes, les femmes et les choses. L'idée de réunir tous ses romans par la réapparition des personnages lui vint. Il veut réaliser ce qui manque aux histoires des peuples anciens : l'histoire des mœurs, peintre des types, conteurs des drames, archéologue du mobilier, nomenclateur des professions, enregistreur du bien et du mal. Ainsi dépeinte, il voulait encore que la société portât en elle la raison de son mouvement. Un écrivain doit avoir en morale et en religion et en politique une idée arrêtée, il doit avoir une décision sur les affaires des hommes. Les bases de la Comédie sont : le catholicisme, l'enseignement par des corps religieux, principe monarchique. — La Comédie devait contenir deux ou trois mille figures.
Mon œuvre sera moins sociale que scientifique. Balzac à l'aide de trois mille figures veut faire