Il est intéressant de relever la présence de certains éléments autobiographiques dans l’œuvre de Madame Bovary. Il ne s’agit pas des détails qui sautent aux yeux du lecteur mais pourtant ils existent.
Il y alors d’une part les similitudes du travail entre Charles Bovary, personnage fictif et Achille Flaubert, père de Flaubert, les deux sont employés dans le domaine de la médicine : le père de Flaubert est chirurgien et Charles est officier de santé étant donné qu’il n’a pas réussi son examen. On voit alors ici des détails que l’on peut facilement relier à la vie personnelle de Flaubert.
Ce qui témoigne de plus d’une relation, si faible soit elle, entre la vie de l’auteur et le roman et d’une certaine réflexion de sa part est le fait que l’on peut admettre, grâce à une lettre à Maxime Ducamp, que Flaubert s’est inspiré, pour écrire l’histoire d’Emma, d’un fait divers d’une femme épouse de l’officier de santé, Monsieur Delamarre, qui est morte jeune, après son mariage. Il est possible que Flaubert connaisse même cette jeune femme, étant donné que son père travaillait dans ce milieu. Flaubert lui-même a pourtant toujours nié l’existence d’une source d’inspiration de ce type et affirmait que tout était « de tête ». On est par contre au courant de l’existence d’une lettre de Flaubert à Maxime Ducamp où il lui parle de ce fait divers.

Il est questionnable de prendre l’affirmation de Flaubert, sur l’absence de la personnalité de l’auteur dans Madame Bovary comme un fait, car on pourrait trouver des parallèles entre Emma Bovary et Gustave Flaubert. Les deux ont une attirance vers le romantisme, il dit par exemple que « Quant à l’amour, ç’a été le grand sujet de réflexion de toute ma vie ». Il est peut-être aussi possible que les crises de nerfs d’Emma s’inspirent des crises d’épilepsie de Flaubert. Dans les lettres qu’il envoie à Louise Colet ou à ses lectrices il parle par contre plutôt d’une distance entre lui et son personnage, « sa petite femme » comme il