Dans ‘’Madame Bovary’’, Flaubert, qui fut d’une ironie impitoyable, tous les personnages étant nuls ou immoraux, a poursuivi sa critique féroce du bourgeois. On peut discerner dans cette haine une attitude littéraire, une révolte de nature romantique contre l'ordre social de l’époque. Mais il y avait aussi chez lui une option fondamentale, car, pour lui, était bourgeois tout individu qui pense par idées reçues. Dès son enfance, au collège de Rouen, il avait créé avec ses amis un mythe grotesque, « le Garçon », destiné à scandaliser le bourgeois. Puis il avait songé à un vaste sottisier, un ‘’Dictionnaire des idées reçues’’, somme de toutes les phrases conventionnelles, des lieux communs et des stupidités qui dispensent de la pensée réelle. Il voulait le rédiger de telle sorte que « le lecteur ne pourrait jamais savoir si l'auteur s'est foutu de lui ». Avant de réaliser ce projet sur le plan romanesque dans ‘’Bouvard et Pécuchet’’, il a placé dans la bouche des personnages de ‘’Madame Bovary’’ des propos « bourgeois » : la conversation de Homais n'est qu'un tissu de lieux communs ; même Emma, dans la partie conventionnelle de ses rêveries, illustre ce dessein. De cette façon, l'œuvre devint une machine de guerre contre la sottise voire la bassesse de la classe dominante.
Mais le roman était aussi une révolte contre la société aliénante. C'est bien parce qu'il dynamitait tous les codes sociaux, qu'il s'en prenait même à l'Église (la soumission qu'elle prêche aux humbles, l’éducation qu’elle donne dans les couvents, l'incapacité du «médecin des âmes» à vraiment apporter une aide dans les périodes de trouble, devant la mort) et au Progrès, au scientisme borné, qu’il fit scandale à sa parution en 1857. Flaubert fut attaqué en justice pour «atteinte aux bonnes mœurs et à la religion», comme le fut la même année Baudelaire pour le même chef d'inculpation.
En fait, son ironie amère recouvre une immense pitié pour les humbles. Et, selon son avocat au procès, “Madame