Malbouffe

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TRAVAUX DE RECHERCHE
MEMOIRE

Présenté devant l’Université Paris XII Val de Marne Par

Jean-Christophe AUGUSTIN
Maître de conférences à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort

Pour l’obtention de l’

HABILITATION A DIRIGER DES RECHERCHES Sciences de la vie

Modélisation de la croissance microbienne et gestion de la sécurité sanitaire des aliments

soutenue publiquement le 2 décembre2005 à l’Ecole Nationale Vétérinaire d’Alfort devant le jury composé de : Pascal GUERET Olivier CERF (rapporteur) Marie Laure DELIGNETTE-MULLER (rapporteur) Laurent ROSSO (rapporteur) Vincent CARLIER Jean-Louis JOUVE Jacques POURQUIE Professeur Professeur Maître de conférences Directeur de recherches Professeur Professeur Professeur

HDR

J.-C. AUGUSTIN

Je remercie les personnes qui ontcontribué à l’obtention de ce diplôme. Je remercie tout particulièrement Vincent Carlier pour la confiance qu’il m’a témoignée depuis le début et pour son soutien tout au long de ces années de recherches. Je remercie Jacques Pourquié qui suit mes travaux depuis plusieurs années et qui a accepté de me parrainer pour l’obtention de ce diplôme. Je remercie Marie Laure Delignette-Muller, Olivier Cerfet Laurent Rosso, pionniers français de la microbiologie prévisionnelle, pour avoir accepté d’être rapporteurs de mon mémoire. Je remercie Jean-Louis Jouve et Pascal Guéret qui me font l’honneur de participer à mon jury de soutenance.

Je remercie également toutes les personnes avec qui j’ai eu l’occasion de collaborer et qui ont contribué à la réussite des recherches décrites dans ce mémoire. Jepense en particulier à Laurent Guillier dont les résultats de recherche sont largement présentés dans ce document et qui a enduré mon encadrement pendant trois longues années. Je pense également aux collègues du pôle HQSA d’Alfort. En particulier, l’équipe microbiologie du CTSCCV pour leur collaboration “historique” qui, je l’espère, pourra se poursuivre dans le futur, et les unités du LERQAPavec qui j’espère que nous pourrons tisser des collaborations durables.

Je dédie enfin ce travail à Séverine, Alexia et Charlotte

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HDR

J.-C. AUGUSTIN

TABLE DES MATIERES

1. INTRODUCTION __________________________________________________________ 4 2. MODELISATION DE LA CROISSANCE MICROBIENNE ________________________ 5 2.1. La cinétique de croissance des populations microbiennes______________________ 5
2.1.1. Description de la cinétique de croissance microbienne _______________________________5 2.1.2. Modèles déterministes décrivant la cinétique de croissance microbienne _________________6 2.1.3. Acquisition du temps de latence et du taux de croissance _____________________________6
Spectrophotométrie_____________________________________________________________________7 Surface des colonies par analyse d’images ___________________________________________________7

2.2. Effet des facteurs environnementaux sur le comportement des micro-organismes__ 8
2.2.1. Description de l’effet des facteurs environnementaux sur la croissance microbienne ________8 2.2.2. Modèles décrivant l’effet des facteurs environnementaux sur le comportement desmicroorganismes_____________________________________________

_________________________9
Modélisation du taux de croissance ________________________________________________________9 Modélisation du temps de latence_____________________________________________________

____11 Interface croissance / non croissance ______________________________________________________11

2.3. Effet de l’état physiologique desmicro-organismes sur leur comportement ______ 12
2.3.1. Description de l’effet de l’état physiologique sur le temps de latence des populations microbiennes ____________________________________________________________

_______12 2.3.2. Modèles décrivant l’effet de l’état physiologique sur le temps de latence des populations microbiennes ____________________________________________________________...
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