Né dans le quartier de Rosemont à Montréal, Rabagliati œuvre dans le graphisme à partir de 1981 et se lance dans l'illustration publicitaire et éditoriale à partir de 1988. Dès lors, il travaille pour différents magazines de Montréal, de Toronto et des États-Unis.
Admirateur d'André Franquin, il publie sporadiquement des planches d'humour dans quelques fanzines québécois comme Nosferatu (1989 - les trois planches de Rabagliati côtoyaient celles de Denis Rodier, Moebius, Hugo Pratt, Gene Colan et plusieurs autres et le tirage était limité à 100 copies, vendu à 1 $ l'unité) et L'Organe publié par Marc Tessier (où publie aussi Julie Doucet) . Mais c'est en 1998 qu'il crée son personnage le plus connu, Paul, publié aux éditions de la Pastèque en français et Drawn and Quarterly en anglais.
En 2003, son deuxième titre Paul a un travail d'été remporte le prix Bédéis Causa décerné par le Festival de la bande dessinée francophone de Québec, ainsi qu'un Harvey Award aux États-Unis. Depuis, plusieurs prix lui ont été décernés dont le Doug Wright Award pour la meilleure bande dessinée canadienne en 2006 ainsi qu'une mention spéciale du Prix des libraires du Québec en 2006 pour l'ensemble de son œuvre. En 2008, il a illustré la pochette du CD La ligne orange, du groupe Mes Aïeux, pour laquelle le groupe a reçu le prix Félix pour la pochette de disque de l'année au Gala de l'industrie de l'ADISQ 2009.
Son sixième album, Paul à Québec, a reçu le prix du public lors du Festival international de la bande dessinée d'Angoulême de