En 1964, trois hommes membres d'un comité de défense des droits civiques disparaissent à Jessup County (un comté fictif inspiré du Comté de Neshoba, où les faits réels ont eu lieu) dans l’État du Mississippi, sans laisser aucune trace. Rupert Anderson et Alan Ward, des agents du FBI (Federal Bureau of Investigation) sont chargés d’éclaircir cette affaire. Le second est un jeune homme, agissant avec "les méthodes officielles du FBI", à savoir la systématique un peu brutale mais légaliste du FBI de Hoover. Le premier, plus vieux, originaire du sud, utilise des moyens moins conventionnels, mais plus efficaces. Afin de les aider dans leur enquête, ils font appel à des renforts qui fouillent les alentours de la ville à la recherche des corps des trois disparus. Des violences sur fond de racisme éclatent alors dans le comté tandis que l'enquête semble s'enliser dans un bourbier sans fond.
Anderson poursuit l’enquête, en parallèle de l'équipe ultra-moderne de Ward, mais selon des méthodes plus subtiles. Ses soupçons se portent sur le shérif Stuckey et son adjoint Pell, dont l'alibi au moment des disparitions est sa femme.
L’ambiance est délétère et explosive : un homme est presque lynché, alors que Townley, le leader du Ku Klux Klan, attise les haines et la violence. Mrs Pell, la femme de l’adjoint du sherif, écœurée par ces évènements se résout à parler et révèle à Anderson l’endroit où se trouvent les corps des trois disparus. Tilman, le maire, après avoir été terrorisé dans un faux enlèvement par un agent de couleur du F.B.I, donne des indications qui débouchent sur l’arrestation des coupables : Swilley, Cowens, Bailey, Stuckey et