Le professeur Henri Laborit intervient au cours de trois récits entremêlés pour expliquer ce que nous savons aujourd'hui du comportement humain :

Jean LeGall, issu de la bourgeoisie, ambitieux, mène une carrière politique et littéraire. Pour la comédienne Janine Garnier, il abandonne sa femme et ses enfants. Janine a quitté sa famille, de modestes militants communistes, pour vivre sa vie. À la demande de la femme de Jean, elle le quitte, puis devient conseillère d'un groupe textile où elle doit résoudre le cas difficile de René Ragueneau, fils de paysan, catholique, devenu directeur d'usine.

Le film se déroule en permanence sur trois niveaux : l'histoire racontée, les représentations mentales des protagonistes influencées par le cinéma et par leurs souvenirs propres, et des images d'expérience sur les rats n'ayant pas de rapport évident sur le moment, mais qui deviennent éclairantes sur le comportement des personnages à la fin du film.

Selon Laborit, la conduite est réglée par quatre éléments: la consommation (boire, manger et copuler), la récompense, la punition (avec pour issues la lutte ou la fuite) et enfin l'inhibition de l'action.

Il reprend la théorie de Paul D. MacLean des trois niveaux cérébraux :

Un cerveau reptilien, commun à tout le règne animal, qui assure nos réflexes de survie et qui dirige notre comportement de consommation,
Un deuxième « cerveau », commun à tous les mammifères, celui de la mémoire, qui guide notre comportement de récompense : il nous fait fuir les expériences que l'on a connues douloureuses (Chat échaudé craint l'eau froide) et agir pour rechercher le plaisir. Si toutes les issues sont bouchées, l'inhibition de l'action provoque le stress et déclenche des maladies.
Notre troisième « cerveau », le néocortex, plus développé chez l'espèce humaine, permet d'associer des idées provenant d'expériences différentes plus abstraites. Il ne nous sert hélas bien souvent qu'à tenir un discours qui permet de justifier nos deux