Ophiostoma ulmi, responsable de la maladie hollandaise de l'orme.
Certains micromycètes provoquent des maladies de plantes, d'animaux ou d'autres champignons avec des impacts sanitaires et économiques variables selon l'espèce et le contexte. Quelques espèces affectent l'humain (maladies de peau notamment par exemple induite par des microchampignons du genre Trichophyton. En agriculture ou arboriculture ou dans les cultures intensives d'arbres (populicultures, cultures d'eucalyptus…), certains micromycètes peuvent provoquer des maladies d'une sévérité légère à désastreuses (dont en termes de coûts), avec quelques cas paradoxaux de micromycètes dégradant certains aliments, mais produisant du fromage, ou Botrytis cinerea qui est un pathogène pour diverses cultures mais qui est aussi responsable de la pourriture noble nécessaire à la production de vins tels que les Sauternes. La famine qui a touché l'Irlande était due à Phytophthora infestans, un microchampignon qui, au xixe siècle, a ravagé les monocultures de pommes de terre implantées en Irlande (île). Plus récemment la maladie hollandaise de l'orme a ravagé les ormaies et bocages de toute l'Europe à cause de Ophiostoma ulmi. La pyriculariose causée par le microscopique champignon phytopathogène ascomycète Magnaporthe grisea a dévasté de vastes cultures de céréales, y compris de riz, blé et mil. Dans les maisons et l'environnement bâti, le champignon Stachybotrys chartarum cause des dommages sur les murs et le mobilier humide. Il cause aussi des allergies, cause du syndrome du bâtiment malsain.
Certaines espèces peuvent aussi s'avérer problématique pour la santé humaine, en cas d'immunodépression ou durant une antibiothérapie), par exemple.
Exemple de maladies épidermiques microfongiques :
Pied d'athlète
Tinea
Candidose (mycoses à Candida)
Mycoses diverses

Ophiostoma ulmi, responsable de la maladie hollandaise de l'orme.
Certains micromycètes provoquent des maladies de plantes, d'animaux ou d'autres