Le livre métaphysique des tubes parle de l’enfance d’Amélie Nothomb jusqu’à l’âge de 3 ans.

De sa naissance à ses 3 ans, Amélie est décrite comme étant dans un état de « légume ou de plante »par les médecins et ses parents, « Légume » étant un enfant qui ne pleure jamais, ne bouge pas, dont aucun son ne sort de sa bouche, mais qui est en état de vivre, qui vit. Elle a un comportement inerte et béat. Amélie Nothomb, quant à elle, se définit plutôt, comme un tube car elle considère que, contrairement à ce que l’on pense des plantes, celles-ci « ressentent des émotions » car elles frémissent quand l’orage approche …Tandis qu’un tube se contente seulement d’avaler et de ressortir de la nourriture, car aucune émotion ni même aucun instinct de survie ne vient l’animer.

Vers ses 2 ans, Amélie est enfin devenue une enfant presque « normale », elle a commencé à émettre des sons même si pendant 6 mois elle n’a pas cessé de hurler, elle était coléreuse, fâchée et rageuse.
A la suite d’une visite de sa grand-mère, Amélie devint une enfant totalement normale. Commence alors un récit narrant la vie de la petite fille, désormais parfaitement éveillée, à la fois « enthousiaste et métaphysique. » (D’où le titre). Cette petite fille sera déçue et attristée de savoir que « toute chose a une fin » et « ce que la vie t’a donné, te sera repris ».

Tout au long de sa petite enfance (c’est-à-dire jusqu’à l’âge de ses 3 ans ou plus) Amélie se prenait, pour Dieu, elle se décrivait en tant que créateur de l’humanité, et cette croyance ne faisait qu’augmenter quand les gens s’intéressaient à elle. Elle pensait que toutes les vies étaient reliées à la sienne, qu’elle occupait une place importante dans la vie de chacun, comme un dieu.

C’est aussi une petite fille curieuse, de savoir ce qui se passe autour d’elle (par exemple, le passage où l’on dresse des drapeaux de carpes dans les jardins) de savoir ce qu’il y a au delà des limites où elle peut aller (le passage où elle se noie