Une fois libéré, François Aubry, membre du comité militaire, lui propose un commandement en Vendée mais il refuse et lui dit même « On vieillit vite sur le champ de bataille et j'en arrive »9. Aubry le met alors en congé, mais sans solde. Par la suite, il erre à Paris sans commandement effectif ; sans argent, il va souvent dîner chez Bourrienne ou chez Mme Panoria Comnène épouse Permon, une connaissance de Corse, avec Junot, les deux étant devenus inséparables depuis le siège de Toulon9. Le 13 vendémiaire an IV, Barras lui demande de réprimer l’insurrection royaliste contre la Convention nationale9. À cette occasion, Bonaparte a sous ses ordres un jeune officier, Joachim Murat, son futur beau-frère. Ce dernier joue un rôle déterminant, en transférant à temps les canons indispensables depuis les Sablons jusqu'aux abords des Tuileries. La canonnade de Saint-Roch — où les boulets ont été remplacés par de la mitraille plus « efficace » — disperse les forces royalistes, faisant de nombreuses victimes.
Quelques jours plus tard, Bonaparte est promu général de division, puis nommé commandant de l’armée de l'Intérieur, succédant à Barras qui devient l’un des cinq membres du Directoire. Il s'installe à Paris, à l’hôtel de la XVIIe division, rue des Capucines9
Officier d’artillerie de formation, il innove vers cette époque dans l’utilisation de l’artillerie (canon de Gribeauval) comme force mobile d’appui des attaques d’infanterie.
Il épouse, le 9 mars 17969, Joséphine de Beauharnais, amie et ancienne maîtresse de Barras. Ce mariage lui permet d’obtenir, le 2 mars 1796, sa promotion de général en chef de la petite armée d'Italie, appelée en principe à ouvrir un simple front de diversion9. Il sait motiver ses hommes et fait, sur le terrain qu'il avait reconnu en 1793-94, une campagne d’exception qui reste étudiée dans toutes les Écoles de guerre. Il bat séparément quatre généraux piémontais et autrichiens (dont Colli, Von Beaulieu et Argenteau à Millesimo, Montenotte),