L'histoire commence pendant l'adolescence de Naruto, vers ses douze ans. Orphelin cancre et grand farceur, il fait toutes les bêtises possibles pour se faire remarquer. Son rêve : devenir Hokage afin d'être reconnu par les habitants de son village. En effet, le démon renard à neuf queues scellé en lui a attisé la crainte et le mépris des autres villageois, qui, avec le temps, ne font plus de différence entre Kyûbi et Naruto. Malgré cela, Naruto s'entraîne dur afin de devenir genin, le premier niveau chez les ninjas. Après plusieurs essais, il arrive finalement à recevoir son bandeau frontal de Konoha et la promotion qui va avec. Il est alors inclus dans une équipe de trois apprentis ninjas, avec Sakura Haruno et le talentueux Sasuke Uchiwa. Peu après, ils rencontrent leur jōnin, celui qui s'occupera de leur formation : le mystérieux Kakashi Hatake.
Au début craint et méprisé par ses pairs, il va peu à peu monter en puissance et gagner le respect et l'affection des villageois grâce notamment aux combats dantesques qu'il remportera face aux ennemis les plus puissants de Konoha parmi lesquels se trouvent plusieurs anciens villageois. Peu à peu, les sombres desseins de domination mondiale de l'un d'entre-eux se dessinent.j'iorohirhoezhhLe début de l'histoire se centre sur quatre personnages principaux : Naruto Uzumaki bien évidemment, mais aussi Sakura Haruno, Sasuke Uchiwa et leur sensei Kakashi Hatake, présents dans presque tous les premiers chapitres du manga et protagonistes de ceux-ci.
Par la suite, de nouveaux personnages font leur apparition, comme les Sannin, trois ninjas légendaires qui deviendront les mentors des trois élèves dans la nouvelle génération et introduisant leur séparation. Naruto l'hyperactif suivra Jiraya, ninja pervers au grand cœur, ancien maître du Quatrième Hokage ; Sakura, plus calme, suivra la formation de ninja médical de Tsunade ; Sasuke le surdoué deviendra le protégé d'Orochimaru, considéré comme un génie, il est néanmoins un